QIIME 2 (Amplicon)

强大的微生物组扩增子分析平台，支持从原始测序数据到统计分析和可视化的完整流程

基本信息

• 类别: amplicon-analysis
• 版本: N/A
• 难度: intermediate
• 最后更新: 2026-03-18

链接

• 官方网站
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安装

# Conda 安装（推荐）
conda install -c qiime2 -c conda-forge qiime2

# Docker 安装
docker pull qiime2/core:2024.2

使用示例

导入数据

qiime tools import
--type 'SampleData[SequencesWithQuality]'
--input-path demux
--output-path demux.qza

DADA2 去噪

qiime dada2 denoise-paired
--i-demultiplexed-seqs demux.qza
--o-table table.qza
--o-representative-sequences rep-seqs.qza
--o-denoising-stats stats.qza

多样性分析

qiime diversity core-metrics-phylogenetic
--i-phylogeny rooted-tree.qza
--i-table table.qza
--p-sampling-depth 10000
--output-dir core-metrics-results

标签

16S amplicon its analysis visualization reproducible