QIIME 2 (Amplicon)
强大的微生物组扩增子分析平台，支持从原始测序数据到统计分析和可视化的完整流程
基本信息
- 类别: amplicon-analysis
- 版本: N/A
- 难度: intermediate
- 最后更新: 2026-03-18
链接
安装
bash
# Conda 安装（推荐）
conda install -c qiime2 -c conda-forge qiime2
# Docker 安装
docker pull qiime2/core:2024.2使用示例
导入数据
qiime tools import
--type 'SampleData[SequencesWithQuality]'
--input-path demux
--output-path demux.qza
DADA2 去噪
qiime dada2 denoise-paired
--i-demultiplexed-seqs demux.qza
--o-table table.qza
--o-representative-sequences rep-seqs.qza
--o-denoising-stats stats.qza
多样性分析
qiime diversity core-metrics-phylogenetic
--i-phylogeny rooted-tree.qza
--i-table table.qza
--p-sampling-depth 10000
--output-dir core-metrics-results
标签
16S amplicon its analysis visualization reproducible
使用示例
bash
# 导入数据
qiime tools import \
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
--input-path manifest.csv \
--output-path paired-end-demux.qza \
--input-format PairedEndFastqManifestPhred33
# DADA2 去噪
qiime dada2 denoise-paired \
--i-demultiplexed-seqs paired-end-demux.qza \
--p-trunc-len-f 240 \
--p-trunc-len-r 200 \
--o-table table.qza \
--o-representative-sequences rep-seqs.qza \
--o-denoising-stats stats.qza
# Alpha/Beta 多样性
qiime diversity core-metrics-phylogenetic \
--i-phylogeny rooted-tree.qza \
--i-table table.qza \
--p-sampling-depth 10000 \
--output-dir core-metrics-results
# 分类注释
qiime feature-classifier classify-sklearn \
--i-classifier classifier.qza \
--i-reads rep-seqs.qza \
--o-classification taxonomy.qza关键参数
| 命令 | 说明 |
|---|---|
qiime tools import | 导入数据 |
qiime dada2 denoise-paired | DADA2 去噪 |
qiime diversity core-metrics-phylogenetic | 多样性分析 |
qiime feature-classifier classify-sklearn | 分类注释 |
qiime taxa barplot | 分类柱状图 |
qiime emperor plot | PCoA 3D 可视化 |
参考资源
- 📖 官方文档: https://docs.qiime2.org/
- 🎓 教程: https://docs.qiime2.org/2024.5/tutorials/overview/
- 📄 论文: Bolyen et al. (2019) Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology. DOI: 10.1038/s41587-019-0209-9