Megahit
超快速且内存高效的 NGS 组装器，主要针对宏基因组优化，基于简洁 de Bruijn 图技术
基本信息
- 类别: assembly
- 版本: 1.2.9
- 难度: advanced
- 最后更新: 2026-03-18
链接
安装
bash
# Conda
conda install -c bioconda megahit
# Docker
docker run -v $(pwd):/workspace vout/megahit
# 预编译二进制
wget https://github.com/voutcn/megahit/releases/download/v1.2.9/MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.tar.gz
tar xvzf MEGAHIT-*.tar.gz使用示例
宏基因组组装
megahit -1 pe_1.fq -2 pe_2.fq -o output_dir
大型复杂宏基因组
megahit -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq
--presets meta-large -o output_dir
从中间结果继续
megahit --continue -o output_dir
标签
metagenomics assembly de-bruijn-graph memory-efficient
使用示例
bash
# 宏基因组组装（配对端）
megahit -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz -o megahit_out --num-cpu-threads 16
# 交错配对模式
megahit --12 interleaved.fq.gz -o megahit_out -t 16
# 长读长组装
megahit --long long_reads.fq.gz -o megahit_out_lr
# 混合组装（短+长读长）
megahit -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz --long long_reads.fq.gz -o megahit_out_hybrid
# 使用预设参数
megahit -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz --presets meta-large -o megahit_out --min-contig-len 1000关键参数
| 参数 | 说明 | 默认值 |
|---|---|---|
-1 / -2 | 配对端输入 | 可选 |
--12 | 交错配对输入 | 可选 |
--long | 长读长输入 | 可选 |
-o | 输出目录 | megahit_out |
-t / --num-cpu-threads | 线程数 | CPU 核心数 |
--min-contig-len | 最小 contig 长度 | 200 |
--presets | 预设 (meta-sensitive/meta-large) | meta |
参考资源
- 📖 官方文档: https://github.com/voutcn/megahit/wiki
- 🎓 教程: https://github.com/voutcn/megahit/wiki
- 📄 论文: Li et al. (2015) MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph. Bioinformatics. DOI: 10.1093/bioinformatics/btv033