Megahit
超快速且内存高效的 NGS 组装器，主要针对宏基因组优化，基于简洁 de Bruijn 图技术
基本信息
- 类别: assembly
- 版本: 1.2.9
- 难度: advanced
- 最后更新: 2026-03-18
链接
安装
bash
# Conda
conda install -c bioconda megahit
# Docker
docker run -v $(pwd):/workspace vout/megahit
# 预编译二进制
wget https://github.com/voutcn/megahit/releases/download/v1.2.9/MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.tar.gz
tar xvzf MEGAHIT-*.tar.gz使用示例
宏基因组组装
megahit -1 pe_1.fq -2 pe_2.fq -o output_dir
大型复杂宏基因组
megahit -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq
--presets meta-large -o output_dir
从中间结果继续
megahit --continue -o output_dir
标签
metagenomics assembly de-bruijn-graph memory-efficient