GTDB-Tk
GTDB-Tk: a toolkit for assigning objective taxonomic classifications to bacterial and archaeal genomes.
基本信息
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 类别 | taxonomic-classification |
| 难度 | ⭐⭐ 中级 |
| 语言 | Python |
| GitHub Stars | 587 |
| 标签 | taxonomy, MAG, GTDB, classification, species-assignments, phylogenetics, archaea, bacteria, nomenclature, bioinformatics, metagenomics |
链接
- 📦 代码仓库: https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk
- 🏠 主页: https://ecogenomics.github.io/GTDBTk/
- 📄 论文: https://doi.org/10.1038/s41587-020-0501-8
安装
bash
pip install gtdb-tk简介
GTDB-Tk: a toolkit for assigning objective taxonomic classifications to bacterial and archaeal genomes.
使用示例
📝 更多使用示例请参考官方文档。
参考资源
- 📖 官方文档: https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk
- 🎓 教程: https://ecogenomics.github.io/GTDBTk/commands/classify_wf.html
- 📄 论文: Chaumeil et al. (2022) GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the Genome Taxonomy Database. Bioinformatics. DOI: 10.1093/bioinformatics/btac672
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最后更新: 2026-03-30