HUMAnN 3

用于从宏基因组或宏转录组数据中高效、准确地分析微生物群落通路存在/缺失和丰度的流程（功能分析）

基本信息

• 类别: functional-profiling
• 版本: 3.0
• 难度: intermediate
• 最后更新: 2026-03-18

链接

• 官方网站
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安装

# 推荐安装
pip install humann

# 或从源码
git clone https://github.com/biobakery/humann
cd humann
python setup.py install

使用示例

基本运行

humann --input sample.fastq --output output_dir

使用特定数据库

humann --input sample.fastq --output output_dir --threads 8

标准化输出

humann_renorm_table --input sample_genefamilies.tsv
--output sample_genefamilies_relab.tsv --units relab

标签

metagenomics functional-profiling pathway-analysis metatranscriptomics