宏基因组测序

难度: ⭐⭐ 中级

定义

宏基因组测序（鸟枪法测序）是对环境样本中所有微生物的总 DNA 进行测序，不依赖 PCR 扩增，可获得物种组成和功能基因信息。

与 16S 测序的比较

特征	16S 测序	宏基因组测序
目标区域	16S rRNA 基因	全基因组
物种分辨率	属/种水平	种/菌株水平
功能信息	无	有（基因、通路）
成本	低	高
数据量	1-5M reads	20-100M reads

分析流程

质控 → 组装 → 物种分析 → 功能分析 → 统计

相关工具

MEGAHIT - 宏基因组组装
MetaPhlAn 4 - 物种分析
HUMAnN 3 - 功能分析

相关概念