featureCounts

高效的读段计数工具，支持基因/外显子/转录本水平的定量

基本信息

属性	值
类别	quantification
难度	⭐ 初级
语言	N/A
GitHub Stars	0
标签	quantification, read-counting, fast, multithreaded

链接

• 📦 代码仓库: https://github.com/Shi-Lab/featureCounts
• 📄 论文: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt656

安装

conda install -c bioconda featurecounts

简介

高效的读段计数工具，支持基因/外显子/转录本水平的定量

使用示例

📝 更多使用示例请参考官方文档。

参考资源

• 📖 官方文档: https://subread.sourceforge.net/featureCounts.html
• 🎓 教程: https://subread.sourceforge.net/SubreadUsersGuide.pdf
• 📄 论文: Liao et al. (2014) featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features. Bioinformatics. DOI: 10.1093/bioinformatics/btt656

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• Salmon
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最后更新: 2026-03-30