BWA-MEM2

BWA-MEM 的加速版本，利用 SIMD 指令提升比对速度 2-3 倍

基本信息

属性	值
类别	alignment
难度	⭐ 初级
语言	C++
GitHub Stars	825
标签	alignment, short-read, SIMD, accelerated, bioinformatics, genomics, sequence-alignment

链接

• 📦 代码仓库: https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2
• 📄 论文: https://doi.org/10.1109/IPDPS.2019.00041

安装

conda install -c bioconda bwa-mem2

简介

BWA-MEM 的加速版本，利用 SIMD 指令提升比对速度 2-3 倍

使用示例

📝 更多使用示例请参考官方文档。

参考资源

• 📖 官方文档: https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2
• 🎓 教程: https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2#usage
• 📄 论文: Vasimuddin et al. (2019) Efficient Architecture-Aware Acceleration of BWA-MEM for Multicore Systems. IEEE IPDPS. DOI: 10.1109/IPDPS.2019.00041

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最后更新: 2026-03-30