Bowtie 2

A fast and sensitive gapped read aligner

基本信息

属性	值
类别	alignment
难度	⭐ 初级
语言	C++
GitHub Stars	781
标签	alignment, short-read, indexing, fast, bioinformatics, read-aligners, genomics, c-plus-plus

链接

• 📦 代码仓库: https://github.com/BenLangmead/bowtie2
• 📄 论文: https://doi.org/10.1038/nmeth.1923

安装

conda install -c bioconda bowtie 2

简介

A fast and sensitive gapped read aligner

使用示例

📝 更多使用示例请参考官方文档。

参考资源

• 📖 官方文档: http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml
• 🎓 教程: http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
• 📄 论文: Langmead & Salzberg (2012) Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. DOI: 10.1038/nmeth.1923

相关工具

• BWA-MEM2
• minimap2
• HISAT2

相关概念

• Quality Control

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最后更新: 2026-03-30