Fastp

超快速的 FASTQ 数据预处理和质量控制工具，集成了质量分析、过滤、修剪、去重等多种功能

基本信息

• 类别: quality-control
• 版本: 1.0
• 难度: beginner
• 最后更新: 2026-03-18

链接

• 官方网站
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安装

# Conda
conda install -c bioconda fastp

# Docker
docker pull opengene/fastp

# 预编译二进制
wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod a+x ./fastp

使用示例

双端数据质控

fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz
-o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz
-h report.html -j report.json
-w 8

自动接头检测

fastp -i input.fq -o output.fq --detect_adapter_for_pe

UMI 处理

fastp -i input.fq -o output.fq -U index1

标签

QC fastq adapter-trimming filtering ultra-fast