Fastp

超快速的 FASTQ 数据预处理和质量控制工具，集成了质量分析、过滤、修剪、去重等多种功能

基本信息

• 类别: quality-control
• 版本: 1.0
• 难度: beginner
• 最后更新: 2026-03-18

链接

• 官方网站
• 相关论文

安装

# Conda
conda install -c bioconda fastp

# Docker
docker pull opengene/fastp

# 预编译二进制
wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod a+x ./fastp

使用示例

双端数据质控

fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz
-o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz
-h report.html -j report.json
-w 8

自动接头检测

fastp -i input.fq -o output.fq --detect_adapter_for_pe

UMI 处理

fastp -i input.fq -o output.fq -U index1

标签

QC fastq adapter-trimming filtering ultra-fast

使用示例

# 基本质控
fastp -i input_R1.fq.gz -I input_R2.fq.gz -o clean_R1.fq.gz -O clean_R2.fq.gz

# 单端数据
fastp -i input.fq.gz -o clean.fq.gz

# 自动检测适配器 + HTML 报告
fastp -i R1.fq.gz -I R2.fq.gz -o clean_R1.fq.gz -O clean_R2.fq.gz --html report.html --json report.json

# 低质量碱基修剪
fastp -i R1.fq.gz -I R2.fq.gz -o clean_R1.fq.gz -O clean_R2.fq.gz --qualified_quality_phred 20 --length_required 50

# UMI 处理
fastp -i R1.fq.gz -I R2.fq.gz -o clean_R1.fq.gz -O clean_R2.fq.gz --umi --umi_loc read1 --umi_len 8

关键参数

参数	说明	默认值
-i / -I	输入 R1 / R2	必需
-o / -O	输出 R1 / R2	必需
--qualified_quality_phred	质量阈值	20
--unqualified_percent_limit	允许的低质量碱基占比	40
--length_required	最短读长	15
--adapter_sequence	适配器序列	自动检测
--html	HTML 报告	无
--json	JSON 报告	无
--thread	线程数	2

参考资源

• 📖 官方文档: https://github.com/OpenGene/fastp
• 🎓 教程: https://github.com/OpenGene/fastp#all-options
• 📄 论文: Chen et al. (2018) fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor. Bioinformatics. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty560

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