anvi'o

An analysis and visualization platform for 'omics data

基本信息

属性	值
类别	visualization
难度	⭐⭐⭐ 高级
语言	Python
GitHub Stars	510
标签	visualization, interactive, comparative-genomics, binning, MAG, metagenomics, metatranscriptomics, pangenomics, science, bioinformatics, phylogenomics, population-genetics, python, javascript, anvio

链接

• 📦 代码仓库: https://github.com/merenlab/anvio
• 🏠 主页: http://merenlab.org/software/anvio
• 📄 论文: https://doi.org/10.1038/s41564-020-00743-5

安装

pip install anvi'o

简介

An analysis and visualization platform for 'omics data

使用示例

使用示例

# 从 FASTA 创建 Contigs DB
anvi-gen-contigs-database -f contigs.fa -o CONTIGS.db -n 'My project'

# 运行 HMMs
anvi-run-hmms -c CONTIGS.db -T 8

# 运行 NCBI COGs
anvi-run-ncbi-cogs -c CONTIGS.db -T 8

# 导入 BAM 文件
anvi-init-bam -b mapped.bam -o mapped-processed.bam
anvi-profile -i mapped-processed.bam -c CONTIGS.db -o PROFILE -T 8

# 合并多个样本
anvi-merge */PROFILE/PROFILE.db -o MERGED -c CONTIGS.db

# 交互式可视化
anvi-interactive -p MERGED/PROFILE.db -c CONTIGS.db

# 分箱和精炼
anvi-cluster-contigs -p MERGED/PROFILE.db -c CONTIGS.db -C CONCOCT --driver concoct
anvi-refine -p MERGED/PROFILE.db -c CONTIGS.db -C CONCOCT -b Bin_1

关键参数

命令	说明
anvi-gen-contigs-database	创建 Contigs 数据库
anvi-run-hmms	运行 HMM 搜索
anvi-profile	生成样本 profile
anvi-merge	合并多个样本
anvi-interactive	启动交互式界面
anvi-cluster-contigs	自动分箱
anvi-refine	手动精炼分箱
anvi-export-gene-calls	导出基因预测

📝 更多详细参数请参考官方文档。

参考资源

• 📖 官方文档: https://anvio.org/
• 🎓 教程: https://merenlab.org/2016/06/22/anvio-tutorial-v2/
• 📄 论文: Eren et al. (2021) Community-led, integrated, reproducible multi-omics with anvi'o. Nature Microbiology. DOI: 10.1038/s41564-020-00743-5

相关工具

• CheckM2
• GTDB-Tk
• Prokka

相关概念

• Functional Vs Taxonomic

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最后更新: 2026-03-30