DADA2

高分辨率的样本推断算法，可从扩增子测序数据中精确识别序列变异（ASV），替代传统的 OTU 聚类方法

基本信息

类别: denoising
版本: 1.30
难度: intermediate
最后更新: 2026-03-18

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安装

bash

# R/Bioconductor 安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("dada2")

# 或使用 QIIME 2 插件
qiime dada2 denoise-paired ...

使用示例

R 代码示例

library(dada2)

1. 过滤和截断

filtFs <- filterAndTrim(fnFs, filtFs, truncLen=c(240,0))

2. 学习错误率

errF <- learnErrors(filtFs)

3. 去噪

dadaFs <- dada(filtFs, err=errF)

4. 合并双端 reads

mergers <- mergePairs(dadaFs, filtFs, dadaRs, filtRs)

5. 构建 ASV 表

seqtab <- makeSequenceTable(mergers)

DADA2 ​

基本信息 ​

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安装 ​

使用示例 ​

R 代码示例 ​

1. 过滤和截断 ​

2. 学习错误率 ​

3. 去噪 ​

4. 合并双端 reads ​

5. 构建 ASV 表 ​

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