MetaPhlAn 4

用于从宏基因组鸟枪法测序数据中进行物种级微生物组成分析的工具（细菌、古菌、真核生物和病毒）

基本信息

• 类别: profiling
• 版本: 4.2.4
• 难度: beginner
• 最后更新: 2026-03-18

链接

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安装

conda install -c bioconda metaphlan

使用示例

基本运行

metaphlan input.fastq.gz --output_file profile.txt

使用病毒数据库

metaphlan input.fastq.gz --output_file profile.txt --input_type fastq --nproc 8

菌株级分析

metaphlan input.fastq.gz --output_file profile.txt --strain_profiler true

标签

metagenomics taxonomic-profiling species-level strain-level virus