MetaPhlAn 4
用于从宏基因组鸟枪法测序数据中进行物种级微生物组成分析的工具（细菌、古菌、真核生物和病毒）
基本信息
- 类别: profiling
- 版本: 4.2.4
- 难度: beginner
- 最后更新: 2026-03-18
链接
安装
bash
conda install -c bioconda metaphlan1
使用示例
基本运行
metaphlan input.fastq.gz --output_file profile.txt
使用病毒数据库
metaphlan input.fastq.gz --output_file profile.txt --input_type fastq --nproc 8
菌株级分析
metaphlan input.fastq.gz --output_file profile.txt --strain_profiler true
标签
metagenomics taxonomic-profiling species-level strain-level virus
使用示例
bash
# 基本物种分类
metaphlan input.fastq --bowtie2db /path/to/db --nproc 8 --output_file profiled.txt
# 配对端数据
metaphlan sample_1.fq.gz,sample_2.fq.gz --bowtie2db /path/to/db --nproc 8 --input_type fastq --output_file profile.txt
# 生成 Bowtie2 比对文件（可复用）
metaphlan input.fastq --bowtie2db /path/to/db --bowtie2out mapped.bz2 --nproc 8 --input_type fastq --output_file profile.txt
# 批量处理 + 合并
merge_metaphlan_tables.py sample1_profile.txt sample2_profile.txt > merged_abundance_table.txt
# 菌株水平分析 (StrainPhlAn)
strainphlan -s SRS014464.bz2 --output_dir output --nprocs 4 --marker_in_n_markers 50 --sample_with_n_markers 501
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关键参数
| 参数 | 说明 | 默认值 |
|---|---|---|
--bowtie2db | 数据库路径 | 必需 |
--nproc | 线程数 | 1 |
--input_type | 输入格式 (fastq/fasta/bowtie2out) | 自动检测 |
--output_file | 输出文件 | stdout |
--tax_lev | 分类级别 (t/p/c/o/f/g/s) | 'a' (all) |
--unclassified_estimation | 估算未分类比例 | 关闭 |
参考资源
- 📖 官方文档: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4
- 🎓 教程: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4#quick-start
- 📄 论文: Blanco-Míguez et al. (2023) Extending and improving metagenomic taxonomic profiling with uncharacterized species using MetaPhlAn 4. Nature Biotechnology. DOI: 10.1038/s41587-023-01688-w