16S rRNA 测序

难度: ⭐ 入门

定义

16S rRNA 基因是原核生物核糖体小亚基的组成部分，长度约 1500bp，包含 9 个可变区（V1-V9）和保守区，广泛用于微生物分类和系统发育分析。

原理

1. 保守区 - 用于设计通用引物（如 27F/1492R）
2. 可变区 - 包含物种特异性序列
3. 系统发育 - 通过序列比对构建进化树

常用引物

• V3-V4 区: 341F-805R
• V4 区: 515F-806R (Earth Microbiome Project)

分析流程

质控 → 拼接 → 去噪/OTU 聚类 → 物种注释 → 多样性分析

相关工具

• QIIME 2 - 扩增子分析平台
• DADA2 - ASV 去噪
• mothur - 16S 分析工具

相关概念

• 宏基因组测序
• Alpha 多样性