CheckM2

Assessing the quality of metagenome-derived genome bins using machine learning

基本信息

属性	值
类别	quality-assessment
难度	⭐⭐ 中级
语言	Scilab
GitHub Stars	252
标签	quality-assessment, MAG, machine-learning, completeness

链接

• 📦 代码仓库: https://github.com/chklovski/CheckM2
• 📄 论文: https://doi.org/10.1038/s41592-023-01940-w

安装

conda install -c bioconda checkm2

简介

Assessing the quality of metagenome-derived genome bins using machine learning

使用示例

使用示例

# 预测基因组质量
checkm2 predict --threads 8 --input bins/ --output-directory checkm2_output

# 指定输出格式
checkm2 predict --threads 8 --input bins/ --output-directory checkm2_output --output-format tab

# 使用 Diamond 而非 MMseqs2（更快）
checkm2 predict --threads 8 --input bins/ --output-directory checkm2_output --database_path /path/to/CheckM2_database

# 查看结果
cat checkm2_output/quality_report.tsv

关键参数

参数	说明	默认值
--input	MAG 目录或文件列表	必需
--output-directory	输出目录	必需
--threads	线程数	1
--output_format	输出格式 (tab/csv)	tab
--database_path	CheckM2 数据库路径	内置
--extension	基因组文件扩展名	fasta

📝 更多详细参数请参考官方文档。

参考资源

• 📖 官方文档: https://github.com/chklovski/CheckM2
• 🎓 教程: https://github.com/chklovski/CheckM2/wiki
• 📄 论文: Chklovski et al. (2023) CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome quality using machine learning. Nature Methods. DOI: 10.1038/s41592-023-01940-w

相关工具

• CheckM
• MetaBAT 2
• GTDB-Tk

相关概念

• Metagenome Assembled Genomes

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最后更新: 2026-03-30