inStrain

基于读段比较分析宏基因组中的群体基因组学，包括 SNV、微多样性、菌株验证

基本信息

属性	值
类别	strain-analysis
难度	⭐⭐⭐ 高级
语言	Python
GitHub Stars	183
标签	strain-level, SNV, microdiversity, population-genomics

链接

• 📦 代码仓库: https://github.com/MrOlm/inStrain
• 📄 论文: https://doi.org/10.1186/s13059-020-02179-4

安装

pip install instrain

简介

基于读段比较分析宏基因组中的群体基因组学，包括 SNV、微多样性、菌株验证

使用示例

📝 更多使用示例请参考官方文档。

参考资源

• 📖 官方文档: https://github.com/MrOlm/inStrain
• 🎓 教程: https://instrain.readthedocs.io/en/latest/
• 📄 论文: Olm et al. (2021) inStrain profiles population microdiversity from metagenomic data and sensitively detects shared microbial strains. Nature Biotechnology. DOI: 10.1038/s41587-020-00797-0

相关工具

• StrainPhlAn
• MetaPhlAn 4

相关概念

• Metagenome Assembled Genomes

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最后更新: 2026-03-30