metaSPAdes
专门为宏基因组数据设计的 de novo 组装器，基于 SPAdes 引擎
基本信息
| 属性 | 值 |
|---|---|
| 类别 | assembly |
| 难度 | ⭐⭐ 中级 |
| 语言 | C++ |
| GitHub Stars | 921 |
| 标签 | assembly, metagenomics, short-read, de-bruijn, genome-assembly, sequence-assembler, sequencing, transcriptome-assembly, illumina, metagenome-assembly, next-generation-sequencing |
链接
- 📦 代码仓库: https://github.com/ablab/spades
- 🏠 主页: http://ablab.github.io/spades/
- 📄 论文: https://doi.org/10.1101/gr.213959.116
安装
bash
conda install -c bioconda metaspades1
简介
专门为宏基因组数据设计的 de novo 组装器，基于 SPAdes 引擎
使用示例
📝 更多使用示例请参考官方文档。
参考资源
- 📖 官方文档: https://github.com/ablab/spades#metaspades
- 🎓 教程: https://github.com/ablab/spades/blob/spades_3.15.5/metaspades/README.md
- 📄 论文: Nurk et al. (2017) metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler. Genome Research. DOI: 10.1101/gr.213959.116
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最后更新: 2026-03-30