Kraken 2

The second version of the Kraken taxonomic sequence classification system

基本信息

属性	值
类别	taxonomic-classification
难度	⭐⭐ 中级
语言	C++
GitHub Stars	887
标签	taxonomic-classification, kmer, metagenomics, fast

链接

• 📦 代码仓库: https://github.com/DerrickWood/kraken2
• 📄 论文: https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0

安装

conda install -c bioconda kraken 2

简介

The second version of the Kraken taxonomic sequence classification system

使用示例

使用示例

# 基本分类
kraken2 --db /path/to/kraken2_db --output result.kreport --report result.report input_1.fastq input_2.fastq

# 使用预建数据库
kraken2 --db /path/to/kraken2_db --paired --output result.kreport --report result.report sample_1.fq.gz sample_2.fq.gz

# 多线程加速
kraken2 --db /path/to/kraken2_db --threads 16 --output result.kreport --report result.report input.fastq

# 与 Bracken 配合估算丰度
bracken -d /path/to/kraken2_db -i result.report -o result.bracken -r 150 -l S

关键参数

参数	说明	默认值
--db	Kraken2 数据库路径	必需
--output	Kraken 格式输出	必需
--report	报告文件	必需
--threads	线程数	1
--paired	配对模式	关闭
--confidence	分类置信度阈值	0.05
--minimum-hit-groups	最小命中组数	2

📝 更多详细参数请参考官方文档。

参考资源

• 📖 官方文档: https://github.com/DerrickWood/kraken2/wiki
• 🎓 教程: https://github.com/DerrickWood/kraken2/wiki/Manual
• 📄 论文: Wood et al. (2019) Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome Biology. DOI: 10.1186/s13059-019-1891-0

相关工具

• Bracken
• MetaPhlAn 4
• Centrifuge

相关概念

• Functional Vs Taxonomic

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最后更新: 2026-03-30