Alpha 多样性

难度: ⭐⭐ 中级

定义

衡量单个样本内微生物群落多样性的指标，包括丰富度（物种数量）和均匀度（物种分布的均匀程度）。

常用指数

指数	描述	公式
Observed OTUs/ASVs	观测到的物种数量	-
Shannon 指数	同时考虑丰富度和均匀度	H' = -Σ(pi × ln(pi))
Simpson 指数	衡量优势物种的集中程度	D = 1 - Σ(pi²)
Pielou 均匀度	物种分布的均匀程度	J = H'/ln(S)
Faith's PD	考虑系统发育关系的多样性	-

相关工具

QIIME 2 - 多样性分析
mothur - 多样性计算

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