MetaBAT 2

基于丰度和四核苷酸频率的宏基因组分箱工具，恢复高质量 MAG

基本信息

属性	值
类别	binning
难度	⭐⭐⭐ 高级
语言	N/A
GitHub Stars	0
标签	binning, MAG, metagenomics, abundance

链接

• 📦 代码仓库: https://github.com/BinPro/MetaBAT2
• 📄 论文: https://doi.org/10.7554/eLife.45092

安装

conda install -c bioconda metabat 2

简介

基于丰度和四核苷酸频率的宏基因组分箱工具，恢复高质量 MAG

使用示例

使用示例

# 1. 先生成深度文件
jgi_summarize_bam_contig_depths --outputDepth depth.txt assembly.bam

# 2. 基本分箱
metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin -t 8

# 敏感模式（适合低覆盖数据）
metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin --sensitive

# 最小 contig 长度
metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin --minContig 2500

# 与多个 BAM 合并深度
jgi_summarize_bam_contig_depths --outputDepth depth.txt sample1.bam sample2.bam sample3.bam
metabat2 -i assembly.fa -a depth.txt -o bins/bin

关键参数

参数	说明	默认值
-i	组装 FASTA	必需
-a	深度文件	必需
-o	输出前缀	必需
-t	线程数	0 (全部)
--minContig	最小 contig 长度	2500
--sensitive	敏感模式	关闭
--maxP	最大分箱数	自动
--seed	随机种子	不固定

📝 更多详细参数请参考官方文档。

参考资源

• 📖 官方文档: https://github.com/BinPro/MetaBAT2/wiki
• 🎓 教程: https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/src/master/
• 📄 论文: Kang et al. (2019) MetaBAT 2: an adaptive binning algorithm for robust and efficient genome reconstruction from metagenome assemblies. PeerJ. DOI: 10.7717/peerj.7359

相关工具

• MaxBin 2
• CONCOCT
• DAS Tool
• CheckM2

相关概念

• Metagenome Assembled Genomes

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最后更新: 2026-03-30