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🎯 选择你的学习路径
路径 1: 扩增子分析 (16S/ITS)
适合研究细菌、真菌群落组成。
1. 学习 16S rRNA 测序概念
↓
2. 使用 fastp 进行质量控制
↓
3. 使用 QIIME 2 或 DADA2 分析
↓
4. 多样性分析和可视化推荐工具:
路径 2: 宏基因组分析
适合研究微生物群落的基因和功能。
1. 学习宏基因组测序概念
↓
2. 使用 fastp 进行质量控制
↓
3. 使用 MEGAHIT 进行组装
↓
4. 使用 MetaPhlAn 进行物种分析
↓
5. 使用 HUMAnN 进行功能分析推荐工具:
- MetaPhlAn 4 - 物种分析
- HUMAnN 3 - 功能分析
- MEGAHIT - 组装
- fastp - 质量控制
路径 3: 完整工作流程
使用集成平台，一站式分析。
推荐:
- bioBakery Workflow - Huttenhower 实验室集成平台
📚 前置知识
必需
- 基础生物学知识
- 命令行基础 (Linux/Mac)
- 统计学基础
推荐
- Python 或 R 编程基础
- 高通量测序原理
- 微生物学基础
🛠️ 环境准备
基础环境
bash
# 安装 Conda (推荐)
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 或安装 Mamba (更快)
conda install -c conda-forge mamba常用工具安装
bash
# fastp
conda install -c bioconda fastp
# MetaPhlAn
conda install -c bioconda metaphlan
# HUMAnN
pip install humann📖 学习资源
官方文档
社区论坛
书籍
- 《微生物组分析》
- 《Macro-omics: Techniques and Applications》